En marcha la secuenciación del genoma de 1,8 millones de especies

Por Eric MEUNIER, 3 DE DICIEMBRE DE 2024

infogm.org

¿Puede la diversidad biológica escapar a cualquier riesgo de biopiratería cuando parte de ella se digitaliza en ordenadores? La respuesta depende de las negociaciones en curso en los organismos internacionales. Mientras tanto, avanza un proyecto internacional para secuenciar el genoma de todas las especies eucariotas conocidas. Financiado indirectamente por actores de la informática y la inteligencia artificial, este proyecto espera incluso poder eludir ciertas normas gracias a herramientas de trabajo más potentes.

El Proyecto ‘Earth BioGenome’ tiene como objetivo secuenciar el ADN de todas las especies eucariotas conocidas en la Tierra, un grupo masivo que incluye plantas, animales, hongos y otros organismos. Foto: CC

La secuenciación y el registro en bases de datos informáticas del genoma de los organismos vivos que componen la diversidad biológica es una de las piedras angulares de la apropiación actual de los organismos vivos. Esta información, denominada « información de secuencia digital» (DSI), es objeto de negociaciones internacionales en el marco del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB), el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura (TIRFAA) y la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual (OMPI). El objetivo de estas negociaciones es definir su estatuto jurídico y las condiciones necesarias para proteger la biodiversidad de la biopiratería. Lejos de ser un tema de fantasía, el Proyecto BioGenoma de la Tierra [1], en marcha desde 2008, ilustra lo mucho que está en juego en estas DSI.

Un proyecto internacional costoso y atrasado

En 2019, Inf’OGM publicó un artículo presentando el Proyecto Biogenoma de la Tierra, un proyecto internacional lanzado el año anterior [2]. Anuncio o no, el proyecto parecía excesivo desde el principio, ya que pretendía secuenciar los genomas de los 1,84 millones de especies eucariotas (organismos con células que poseen un núcleo) conocidas, de los 12 a 15 millones estimados [3]. En 2008, se anunció que el proyecto tardaría 10 años en completarse, con un coste estimado de 4.700 millones de dólares.

El proyecto se encuentra ahora a cuatro años del final de su calendario teórico, y el objetivo de secuenciar los 1,5 millones de genomas de las especies eucariotas conocidas sigue pareciendo muy, muy lejano. Según el sitio web del proyecto, « sólo» se han secuenciado los genomas de 3.039 especies [4].

Una red de proyectos

El Proyecto BioGenoma de la Tierra no es una entidad en sí misma, sino un proyecto paraguas que abarca muchos otros proyectos. Hay 64 de estos proyectos, que pueden diferir entre sí por razones geográficas o por los organismos secuenciados. La lista de proyectos publicada en la red [5] incluye los « 1.000 genomas chilenos “, cuyo objetivo es ” descifrar los genomas de animales, plantas y microorganismos endémicos de Chile ». El « Proyecto Biogenoma Africano » abarca todo el continente africano, con el objetivo de « crear la capacidad (y la infraestructura) para generar, analizar y desplegar datos genómicos para la mejora y el uso sostenible de la biodiversidad y la agricultura en toda África ». Por supuesto, la Unión Europea está presente con su « European Reference Genome Atlas (ERGA) Umbrella “, que es ” una iniciativa comunitaria paneuropea para coordinar la generación de genomas de referencia que representen la biodiversidad eucariota europea ».

Los proyectos participantes también pueden centrarse en tipos de organismos y no en zonas geográficas. En este ámbito, hay que pensar a lo grande. El proyecto « Genomas oceánicos “ pretende ” acelerar y ampliar la producción de genomas de referencia de libre acceso de vertebrados marinos » presentes en todos los océanos. Las profundidades del océano no han sido olvidadas, ya que el proyecto Deep-ocean genomes explorará y recogerá especímenes para su secuenciación. El Proyecto Genoma Polar pretende « fomentar la investigación de las características y funciones únicas del genoma que permiten procesos biológicos únicos y potentes en los organismos polares ». Primates, peces, aves, insectos, cangrejos, mariposas, hormigas, anfibios, abejas, murciélagos… son también objeto de numerosos proyectos específicos.

Un proyecto para «pueblos indígenas y comunidades locales»

El proyecto « Antepasados sabios » es un tanto original entre los proyectos afiliados. Su misión, tal y como se presenta en su página web [6], es « co-crear y desarrollar proyectos de investigación sobre especies específicas con los pueblos indígenas y las comunidades locales con el objetivo de generar información genómica, reforzar los esfuerzos de conservación de los pueblos indígenas y las comunidades locales, y apoyar la soberanía indígena sobre los datos ». En términos sencillos, este proyecto coordina el trabajo de investigadores y comunidades locales para secuenciar el genoma de especies conocidas y utilizadas por estas comunidades locales, y recopilar los conocimientos tradicionales asociados. Estos conocimientos son esenciales para conocer las características de un determinado organismo recolectado.

Además de parecer un resumen concreto de los riesgos de apropiación de la biodiversidad mediante el uso de DSI y la recopilación de los conocimientos tradicionales asociados, este proyecto tiene cierta originalidad en cuanto a su financiación.

En su página web, afirma que su única fuente de financiación es el Future of Life Institute [7]. En la Unión Europea, este instituto está inscrito en el Registro de Transparencia [8] debido a sus reuniones con miembros de la Comisión Europea y del Parlamento Europeo, entre 2021 y 2024, en relación con la legislación sobre inteligencia artificial, que se adoptó el pasado mes de julio [9]. Según explica el propio instituto, sus recursos financieros proceden de donaciones recibidas y luego redistribuidas en forma de subvenciones. Entre los donantes figuran Vitalik Buterin, cofundador de la criptomoneda Ethereum, Jaan Tallinn, fundador de Skype, y, en 2015, Elon Musk, cofundador de Space X, Tesla, PayPal y Open AI [10], entre otros.

Realizado a la inversa, el camino aquí descrito muestra que los actores de la inteligencia artificial y las criptomonedas invierten indirectamente en la secuenciación de los genomas de las especies que componen la biodiversidad, movilizando para ello a investigadores y comunidades locales.

¿Riesgos de la biopiratería?

¿Por qué suscita dudas el Proyecto BioGenoma de la Tierra? Una de las cuestiones es la propiedad intelectual. La secuenciación de genomas alimenta las bases de datos informáticas que almacenarán los DSI. Estos DSI son en sí mismos una fuente de información que puede ser utilizada por algunos para desarrollar una « invención » y reclamar una patente asociada. En el ámbito de la vida, las patentes tienen la particularidad de cubrir la información que constituye una invención y cualquier organismo que contenga esta información. Así lo demuestra el reciente caso de una patente de KWS sobre plantas de maíz resistentes al frío, impugnada sin éxito ante la Oficina Europea de Patentes (OEP) y que amenaza la explotación comercial del trabajo de los obtentores que habían seleccionado maíz resistente al frío antes de la solicitud de patentes [11]. También lo demuestra la reciente adopción en el seno de la OMPI de un tratado internacional en el que se ha hecho todo lo posible para que no sea necesario facilitar el origen de la « materia» (en nuestro caso, organismos o DSI), facilitando así la ampliación del ámbito de una patente más allá de la mera « invención » reivindicada [12].

En el caso del Proyecto BioGenoma de la Tierra, se han establecido « buenas prácticas» para garantizar que todas las muestras tomadas de la biodiversidad terrestre cumplan las normas internacionales. El planteamiento general de este proyecto es que « los recolectores de muestras deben asegurarse de que se cumplen todos los permisos locales y nacionales y de que existe un registro de estos permisos al que remitirse en caso de que se cuestione la legalidad de la obtención de dichas muestras » [13]. La cláusula condicional utilizada en esta frase, al igual que en el resto de las « buenas prácticas para la recogida de muestras », plantea no obstante interrogantes, ya que el cumplimiento de las normas nacionales o internacionales rara vez es una opción. Esta cláusula condicional sólo se ajusta ligeramente al recordatorio a los recolectores de que el Protocolo de Nagoya impone un procedimiento establecido para toda recolección y transporte de especímenes: la obtención de un consentimiento previo y un acuerdo de participación en los beneficios, mientras que olvida el imprescindible acuerdo de transferencia de material. Esta omisión se explica quizás por el hecho de que esta guía de buenas prácticas incluye la esperanza de que el trabajo pueda simplificarse mediante herramientas de inteligencia artificial. De hecho, se detalla que el Proyecto Biogenoma de la Tierra « fomenta las actividades que simplifican y sistematizan los procedimientos y protocolos estándar que facilitan la “ contenerización” de las actividades de extracción, secuenciación y ensamblaje». La contenerización supone un mundo en el que un simple laboratorio portátil podría albergar todo lo necesario para pasar de una muestra a una secuencia […]. Esto aliviaría la presión asociada a los requisitos del Protocolo de Nagoya y el presupuesto gastado en el aumento de los costes de transporte para mantener la cadena de frío «.

Este deseo se basa en la ausencia de una definición y un estatuto jurídicos para la información DSI. Se están llevando a cabo numerosas negociaciones a escala internacional, en las que los agentes, especialmente en Europa y Norteamérica, presionan para que los DSI no estén sujetos a las normas que rigen la explotación de la biodiversidad. Mientras que hoy en día es necesario obtener un acuerdo de transferencia de material para sacar un organismo del país donde se encuentra, varios países consideran que no debería ser así en el caso de las DSI. Desde este punto de vista, el Proyecto BioGenoma de la Tierra plantea la cuestión de los riesgos de la biopiratería de forma aún más exacerbada. Tanto más cuanto que este acceso, en violación de cualquier obligación de acuerdo de transferencia de material, ya es irreversible en muchas bases de datos electrónicas de DSI de libre acceso, así como en colecciones públicas de recursos genéticos que no documentan el origen de los organismos físicos secuenciados o puestos a disposición en forma física, al igual que muchas colecciones privadas.

Referencias:

i Sitio web del Proyecto BioGenoma de la Tierra.

ii Frédéric PRAT, «Secuenciar el genoma de todos los seres vivos de la Tierra», Inf’OGM, 27 de agosto de 2019.

iiiLas cifras que se dan aquí sobre el número total de genomas que se secuenciarán se dieron en 2020 en el siguiente artículo:

H.A. Lewin et al, «The Earth BioGenome Project 2020: Starting the clock», Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 119 (4) e2115635118, 2022.

En 2018 se hablaba de 1,5 millones de genomas eucarióticos.

iv GoaT, Proyecto Biogenoma de la Tierra (EBP).

v GoaT, «páginas del Proyecto Biogenoma de la Tierra (EBP) y proyectos afiliados al EBP».

vi Wise Ancestors, «Nuestra misión».

vii Página web del Future of Life Institute.

viii Según la Unión Europea, « el Registro de Transparencia es una base de datos de “representantes de intereses” (organizaciones, asociaciones, grupos y personas que actúan a título independiente) cuyas actividades tratan de influir en las políticas y la toma de decisiones de la UE.

Su objetivo es mostrar qué intereses están representados a nivel de la UE, por quién y en nombre de quién, así como los recursos dedicados a estas actividades (incluyendo apoyo financiero, donaciones, patrocinio, etc.) «.

UE, Registro de Transparencia, «datos relativos al Future of Life Institute».

ix Parlamento Europeo, Observatorio Legislativo, «2021/0106(COD) – Legislación sobre Inteligencia Artificial».

x FLI, «Finanzas».

xi Denis Meshaka, «EPO throws cold water on opposition to a KWS patent», Inf’OGM, 14 Nov 2024.

xii K.M. Gopakumar, «L’OMPI ouvre plus largement la porte à la biopiraterie», Inf’OGM, 31 de octubre de 2024.

xiii Proyecto BioGenoma de la Tierra, Mara K. N. Lawniczak et al, «Best Practice Guidance for Earth BioGenome Project Sample Collection and Processing: Progress and Challenges in Biodiverse Reference Genome Creation», octubre de 2024.

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